เนื่องจากปัจจุบัน บ.สหฟาร์มและบ.ในเครือ มีน้ำเสียที่เกิดจากโรงงานแปรรูปการผลิต จำนวน 1 โรงงาน และโรงงานอาหารสำเร็จรูป จำนวน 2 โรงงาน ซึ่งน้ำเสียปริมาณถึงวันละ 6,800 – 7,000 ลบ.ม./วัน ซึ่งปริมาณน้ำเสียถ้าล้นไปตามแหล่งน้ำธรรมชาติ จะส่งผลกระทบต่อแหล่งน้ำและชุมชน ทางบ.สหฟาร์มจึงได้มีการจัดทำโรงบำบัดน้ำเสียรวม แบบ Oxidation Pond โดยนำน้ำเสียทั้งหมดเข้าสู่ระบบบำบัด มีจำนวนทั้งสิ้น 17บ่อ ซึ่งเป็นระบบที่ออกแบบมาสามารถรองรับน้ำเสียแบบมีประสิทธิภาพสูงสุดถึง 10,000 ลบ.ม/วัน

โดยน้ำเสียทั้งหมดจะผ่านกระบวนการบำบัดแบบวิธีธรรมชาติ โดยเริ่มจากการนำน้ำเสีย กรองเศษขนไก่ ออกก่อน แล้วจึงเติมหัวเชื้อจุลินทรีย์ และกากน้ำตาล เพื่อช่วยย่อยสลายแบคทีเรียในน้ำเสีย จากนั้นเข้าสู่ถังดักไขมัน และ เข้าสู่ระบบบ่อผึ่ง จนจบกระบวนการบำบัด

น้ำที่ผ่านการบำบัดแล้ว มีการตรวจสอบคุณภาพน้ำทิ้ง โดยมีการส่งตรวจคุณภาพน้ำทิ้งเป็นประจำทุกเดือน และมีการตรวจคุณภาพน้ำทิ้งจาก Lab ด้านนอก ปีละ 1 ครั้ง

ค่ามาตรฐาน BOD ไม่เกิน 20 mg/l ,COD ไม่เกิน 120 mg/l , Oil & Grease ไม่เกิน 5 mg/l

น้ำทิ้งที่ผ่านการบำบัดแล้วก็จะไม่มีการปล่อยออกนอกโรงงาน ( Zero Discharge ) น้ำที่ผ่านการบำบัดแล้ว นำกลับมาใช้ประโยชน์ โดยส่งเข้าโครงการประมงในอุตสาหกรรมการเลี้ยงปลาดุกต่อไป